U oblasti akreditacije visokoškolskih ustanova na osnovu člana 49. Okvirnog zakona o visokom obrazovanju u Bosni i Hercegovini  „Službeni glasnik Bosne i Hercegovine“ broj :59/074 I 59/09, Agencija je nadležna da vodi Državni registar akreditiranih visokoškolskih ustanova u Bosni i Hercegovini. Navedeni registar će predstavljati jedinu službenu evidenciju  u Bosni i Hercegovini o svim akreditiranim visokoškolskim ustanovama i samo podaci iz tog registra  imaće  pravnu snagu  i validnost u pravnom saobraćaju kako u Bosni i Hercegovini tako i u međunarodnoj komunikaciji. Uspostavljanje, sadržaj i način vođenja  navedenog registra  regulisaće se posebnim pravilnikom.