Agencijom za razvoj visokog obrazovanja i osiguranje kvaliteta rukovodi direktor.
Direktora i njegove zamjenike bira, nakon provedenog javnog konkursa, Vijeće ministara BiH.
Mandat direktora i njegovih zamjenika je četiri godine.
Direktor i zamjenici direktora ne mogu biti iz istog konstitutivnog naroda.
Vijeće Ministara Bosne i Hercegovne je na svojoj 167. sjednici održanoj 23.11.2011. godine, nakon provedenog javnog konkursa, donijelo Odluku o izboru i imenovanju direktora Agencije. Imenovan je:
Zamjenici direktora imenovani su na 64. sjednici Vijeća ministara, održanoj 30.10.2008. godine. Imenovani su:
Zmjenici direktora: