Agencijom za razvoj visokog obrazovanja i osiguranje kvaliteta  rukovodi direktor.
Direktora i njegove zamjenike bira, nakon provedenog javnog konkursa, Vijeće ministara BiH.
Mandat direktora i njegovih zamjenika je četiri godine.
Direktor i zamjenici direktora ne mogu biti  iz istog konstitutivnog naroda.

 

Vijeće Ministara Bosne i Hercegovne je na svojoj 64. sjednici održanoj 30.10.2008. godine, nakon provedenog javnog konkursa, donijelo Odluku o izboru i imenovanju direktora i zamjenika direktora Agencije. Imenovani su:

 

Direktor: Prof. dr. sc. Nihad Fejzić - nihad.fejzic@hea.gov.ba
Zamjenici direktora: Mr. sc. Jugoslav Vuk Tepić - jugoslav.vuk.tepic@hea.gov.ba

Boris Ćurković - boris.curkovic@hea.gov.ba