1. Rukovodstvo Agencije

• Agencijom za razvoj visokog obrazovanja i osiguranje kvaliteta rukovodi direktor.
• Direktora i njegove zamjenike bira, nakon provedenog javnog konkursa, Vijeće ministara BiH.
• Mandat direktora i njegovih zamjenika je četiri godine.
• Direktor i zamjenici direktora ne mogu biti iz istog konstitutivnog naroda.

2. Kabinet rukovodstva

• Pruža pomoć u radu direktora i zamjenika direktora putem izvršavanja profesionalnih i tehničkih zadataka, uključujući vođenje rasporeda aktivnosti direktora, pripremu materijala za sastanke sa predstavnicima institucija Bosne i Hercegovine na koje se odnosi Okvirni Zakon o visokom obrazovanju u Bosni i Hercegovini i pripremu materijala za konferencije i seminare;
• vrši tehničku obradu akata koje sačinjava direktor, organizovanje sastanaka i vođenje zapisnika;
• priprema sjednice Stručnog kolegija i Upravnog odbora, prati realizaciju zaključaka Stručnog kolegija i Upravnog odbora;
• obezbjeđuje javnost i transparentnost rada Agencije;
• vrši prijem, podjelu i slanje pošte, vođenje evidencije o primljenoj i otpremljenoj pošti, kao i drugih propisanih evidencija u oblasti kancelarijskog poslovanja;
• izrađuje saopštenja i drugih informativnih materijala Agencije, te aktivnosti na razvoju službene internet stranice Agencije;
• obezbjeđuje državnim službenicima i javnosti pristup podacima u skladu sa Zakonom o slobodi pristupa informacijama u Bosni i Hercegovini (”Službeni glasnik BiH”, broj 28/00), Zakonom o zaštiti ličnih podataka (”Službeni glasnik BiH”, broj 49/06) i opštim aktima Agencije.

3. Sektor za razvoj visokog obrazovanja

• izrađuje prijedloge jasnih, transparentnih i pristupačnih kriterija i normi kojima se određuju minimalni standardi u oblasti visokog obrazovanja;
• izrađuje prijedloge preporuka o kriterijima i standardima ministarstvu Republike Srpske, kantonalnim ministarstvima i Brčko Distriktu BiH za osnivanje i zatvaranje visokoškolskih ustanova, te za prestrukturiranje studijskih programa;
• izrađuje prijedloga preporuka o kriterijima za licenciranje visokoškolskih ustanova i studijskih programa; sarađuje na izradi preporuka o najnižim školarinama za sve studente na akreditiranim visokoškolskim ustanovama, s ciljem usklađivanja najnižih školarina na cijeloj teritoriji Bosne i Hercegovine;
• predlaže savjete o politici rada i razvoja ministarstvu Republike Srpske, kantonalnim ministarstvima i Brčko Distriktu BiH;
• daje savjete i informacije o pitanjima iz svoje nadležnosti zainteresiranim strankama;
• utvrđuje prijedloge standarda kvaliteta, analizu kvaliteta, daje preporuka za otklanjanje nedostataka kvalitete studija i visokoškolskih ustanova;
• sarađuje na predlaganju općih smjernica i kriterija na osnovu kojih se iz budžeta institucija BiH mogu dodjeljivati sredstva visokoškolskim ustanovama za naučnoistraživački rad;
• izrađuje i predlaže uputstva o formi i sadržaju diplome i dodatka diplome koju izdaju akreditirane visokoškolske ustanove;
• izrađuje i predlaže pravilnike i druge akte iz svoje nadležnosti.

4. Sektor za osiguranje kvaliteta

• izrađuje prijedloge jasnih, transparentnih i pristupačnih kriterija za akreditaciju visokoškolskih ustanova;
• izrađuje prijedloge kriterija za izbor domaćih i međunarodnih stručnjaka koji daju ocjenu i obavljaju reviziju kvaliteta i daju preporuke o akreditaciji visokoškolskih ustanova;
• priprema objavljivanje javnog konkursa za izbor domaćih i međunarodnih stručnjaka za ocjenjivanje i reviziju kvaliteta i davanje preporuka o akreditaciji visokoškolskih ustanova, odnosno njihovih studijskih programa;
• izrađuje prijedloge za osnivanje komisije za utvrđivanje liste stručnjaka koji zadovoljavaju kriterije iz Okvirnog zakona o visokom obrazovanju („Službeni glasnik BiH“ broj 59/07). Komisija ima pet članova, a čini je po jedan predstavnik Rektorske konferencije, jednog kantonalnog ministarstva, ministarstva Republike Srpske, Brčko Distrikta BiH, te predstavnik Agencije;
• vrši pripremu za dostavljanje utvrđene liste stručnjaka na usvajanje svim ministarstvima obrazovanja u BiH i nadležnom odjelu Brčko Distrikta BiH; priprema prijedloge za imenovanje komisije stručnjaka, na osnovu prijedloga nadležnih obrazovnih vlasti u pogledu izbora stručnjaka s utvrđene liste stručnjaka;
• priprema preporuke nadležnim obrazovnim vlastima o akreditaciji visokoškolske ustanove, odnosno studijskog programa, na osnovu mišljenja komisije stručnjaka;
• utvrđuje prijedloge za postupak i rješenje o akreditaciji i licenciranju visokoškolskih ustanova koje donose ministarstvo Republike Srpske, kantonalna ministarstva i Brčko Distrikt BiH, u skladu s Okvirnim zakonom o visokom obrazovanju u BiH;
• utvrđuje prijedloge postupaka za ocjenjivanje usklađenosti rješenja o akreditaciji s normama i kriterijima iz Okvirnog zakona o visokom obrazovanju u BiH i, u slučaju utvrđene neusklađenosti, priprema prijedloge preporuka Upravnom odboru za preduzimanje daljnjih mjera, sve do mjere poništenja rješenja o akreditaciji;
• vodi državni registar akreditiranih visokoškolskih ustanova;

5. Sektor za pravne, kadrovske, finansijske i opšte poslove

Ovaj Sektor obavlja pravne, kadrovske, računovodstveno–materijalne i opšte poslove;materijalno finansijske poslove i poslove izrade finansijskih planova i praćenje realizacije istih, vođenje knjigovodstveno – finansijske dokumentacije i njeno čuvanje, kao i druge poslove koji po svojoj prirodi spadaju u nadležnost ovog Sektora.

Poslovi iz djelokruga rada Sektora za pravne, kadrovske, finansijske i opšte poslove vrše se u okviru slijedećih unutrašnjih organizacionih jedinica:

• Odsjek za pravne, kadrovske i opšte poslove
• Odsjek za finansijsko- materijalne poslove