Agencijom za razvoj visokog obrazovanja i osiguranje kvaliteta rukovodi direktor.
Direktora i njegove zamjenike imenuje, nakon provedenog javnog konkursa, Vijeće ministara BiH.
Mandat direktora i njegovih zamjenika je četiri godine.
Direktor i zamjenici direktora ne mogu biti iz istog konstitutivnog naroda.
Vijeće Ministara Bosne i Hercegovne je na svojoj 114. sjednici održanoj 02.07.2026. godine, donijelo rješenja o izboru i imenovanju v.d. direktora i zamjenika direktora Agencije. Imenovani su:
v.d. direktora:
Prof. dr Mahir Zajmović
Zamjenici direktora:
Stevo Škrbić
Irena Šiško