Iz Okvirnog zakona o visokom obrazovanju u BiH:
Agencijom upravlja Upravni odbor koji ima deset članova.
Upravni odbor čine po tri člana iz sva tri konstitutivna naroda i jedan član iz reda ostalih.
Članove upravnog odbora Agencije bira Parlamentarna skupština BiH na mandat od tri godine s mogućnošću reizbora, pod uslovom da se inicijalno imenovanje provede u fazama, tako da svake godine jedna trećina članova bude reizborna, ili ponovo imenovana.
Upravni odbor odlučuje većinom glasova od ukupnog broja članova pod uslovom da takvu većinu čine najmanje dvije trećine glasova predstavnika svakog konstitutivnog naroda.
Upravni odbor čini najmanje 50% redovnih profesora univerziteta. Za članove Upravnog odbora Agencije za razvoj visokog obrazovanja i osiguranje kvaliteta imenovani su: